Debida a su estratégico emplazamiento fue escenario de importantes acontecimientos históricos que se reflejan en su rico patrimonio cultural. Tal y como lo conocemos en la actualidad, se formó en 1976 con la unión de los municipios de Iruña (compuesto por Víllodas y Trespuentes) y Nanclares de la Oca, compuesto por Nanclares de la Oca, Ollávarre y Montevite. 

Los primeros asentamientos están situados en lo que hoy día es el Yacimiento Arqueológico de Iruña-Veleia, una de las joyas del municipio y uno de los yacimientos romanos más importantes de Euskadi.

Parece ser que es la Edad Media con los templarios aparece el sufijo “de La Oca”, y es en el siglo XI cuando aparecen por primera vez reflejados en la Reja de San Millán los núcleos actuales de Ollávarre y Montevite.

En la Sierra de Badaia, se construyó durante el siglo XIII una casa-torre perteneciente a la familia más poderosa de Iruña de Oca, los Martínez de Iruña, que la donaron a los Jerónimos y posteriormente ocupada por los Agustinos hasta 1835. Fue incendiada en la I Guerra Carlista y partiendo de sus ruinas se ha convertido en un espacio realmente singular: el Jardín Botánico de Santa Catalina.

Esta área fue importante escenario de la Guerra de la Independencia con fuerte presencia de tropas inglesas. De las Guerras Carlistas quedan hoy las torres de comunicación que rodean Nanclares.

A lo largo del siglo XX, y debido a un importante proceso de industrialización el municipio aumentó significativamente su población y hoy día cuenta con dos polígonos industriales: San José de los Llanos y Subillabide. 

Durante los últimos años se han llevado a cabo importantes obras urbanísticas y también de recuperación de elementos de patrimonio cultural como el horno de cal (patrimonio industrial) y el edificio del molino del siglo XIX.